Aquando da mudança da Santa Confraria da Misericórdia para as suas novas instalações, nos terrenos doados por João Varela, nas Velas já existia um sítio para cura de doenças mais graves visto que a sua Câmara, em 4 de Janeiro de 1570, considerava “que a Casa de S. Lázaro dos enfermos está caída” e deliberou “que a façam consertar para que nela se recolham os enfermos da terra”. Seria uma réplica dos hospitais/leprosarias que proliferavam nos centros mais importantes do país e era composto de “igreja e fábrica” com renda própria, embora bastante diminuta, “novecentos réis de renda cada ano” e, naturalmente, bastante anterior a 1570 pois que, nessa altura, a enfermaria já estava “caída” mantendo-se no mesmo estado no final do ano seguinte.
Desconhecemos a globalidade e importância do papel da Misericórdia das Velas nos primeiros anos da sua existência constatando embora que, desde os seus primeiros anos de actividade, procurou minimizar as carências existentes já que no ano a que nos vimos referindo (1570) a própria câmara solicitou apoio “aos mordomos da Misericórdia”, explicitando assim a Câmara das Velas quer a vocação desta instituição para a assistência na doença como também confirmando a respeitabilidade que a Santa Casa impôs, desde o início, ao poder civil e à governança da terra.
Natural é que a urgência de construção da sua igreja e a própria estruturação da irmandade consumissem tempo e dinheiro não compatíveis com a disponibilidade necessária para as respostas imediatas aos inúmeros problemas sociais que se levantavam naquela época, a quem o poder político era incapaz de dar resposta e a Igreja não possuía meios nem, sobretudo, capacidade para os resolver. Certo é que a Misericórdia promoveu a constituição, no edifício anexo à Igreja que havia construído, dum pequeno hospital, com reduzidas dimensões e precários serviços, que foi na altura, como nos quatro séculos seguintes, a única resposta existente ao nível da solidariedade social e da saúde nesta vila, e nos seus primeiros 360 anos, em toda a ilha de S. Jorge.
Porém, que foi D. Beatriz de Melo a impulsionadora do Hospital da Misericórdia, na medida em que foi imposto pela testadora que “se faça uma Casa de Hospital à ordem dos ditos Provedores que servirem [ ... ] com seus catres e camas para os pobres doentes e necessitados, com seus departamentos assim para homens como para mulheres [ ... ],e “que tudo se fará dos rendimentos da dita sua fazenda” destinando ainda que “sendo que resta alguma coisa cada ano dos rendimentos de seus bens, feitos os ditos gastos, se empregará para que o dito Hospital vá em aumento”, transformando-se a implementação do Hospital da Misericórdia, mercê o testamento de D. Beatriz de Melo, na obra de maior vulto da Instituição e aquela que prevaleceu como mais importante através dos séculos e, ao mesmo tempo, foi esta mulher, cujo altruísmo jamais será enaltecido em demasia, que permitiu aos pobres, não só das Velas mas de toda a ilha de S. Jorge, terem uma casa para cura das suas enfermidades.
Em 1699 trabalhava-se em força na construção do Hospital, sobretudo na preparação da pedra de cantaria. Foi um dos principais mestres da obra o pedreiro Francisco Rodrigues, que em 1664 havia vindo da Ilha do Pico para construir a Igreja Matriz das Velas, e seu filho Manuel Avelar que, anos mais tarde, havia de ser o arquitecto do edifício dos Paços do Concelho.
Transferido o Hospital em 1848 para o novo edifício, foi continuada a sua acção meritória, acrescida de um asilo para indigentes, até que dificuldades financeiras e carência de médico fizeram-no fechar durante algum tempo. Reconhecida, porém, a importância de tal instituto para a ilha de S. Jorge, logo a Mesa Administrativa foi substituída por outra que teve por primeira obrigação a reabertura do Hospital.
Em 1707, o ano anterior à invasão das Velas pelos corsários franceses, as obras de construção do novo hospital estavam quase concluídas e, nesse ano, já foram recebidos os primeiros dois doentes. Foram as mesmas dadas por conclusas no ano seguinte embora, em 1714 o Provedor, beneficiado Manuel Cardoso Sequeira, fez alguns “concertos no Hospital da Santa Casa”.
Passado pouco tempo da saída do Dr. Francisco Severino Avelar, foi em 21 de Dezembro de 1861, provido no partido municipal o médico cirurgião Manuel Maria da Rosa, natural da Madalena, ilha do Pico, que exerceu o cargo até 30 de Agosto de 1863. Com a saída deste médico, foi novamente provido o Dr. José António de Almeida, cargo que exerceu até 1886, ano em que faleceu.
Em 1880, a Mesa da Irmandade tomou a inédita medida de fechar o hospital, sendo a causa principal, embora possa não ter sido a única, se centrou em certas incompatibilidades verificadas entre a Mesa e o facultativo, Dr. José António de Almeida e, eventualmente, à hipótese de que com tal fecho ser passível o despedimento do referido facultativo. Com efeito, em 23 de Julho de 1880, noticiava o jornal «O Velense» que “pelo Exmo. Conselho do distrito foi dado provimento ao segundo recurso interposto pelo Sr. Dr. José António de Almeida, facultativo do hospital da misericórdia desta vila, contra a deliberação da Mesa desta irmandade que o excluiu do dito lugar.
A Mesa tem-se rebelado a cumprir os acórdãos superiores teimando em não admitir o dito facultativo, e conservando fechado aos pobres enfermos o único hospital que há na ilha”, concluindo que tais medidas “são caprichos que destoam do fim de tão humanitária instituição e da caridade da sua benemérita fundadora” (In “O Velense”, nº 16, de 23 de Julho de 1880) e o mesmo jornal, em 23 de Outubro desse ano fazia referência à “desumanidade da mesa da misericórdia desta ilha, que continua com o seu hospital fechado á pobreza enferma, unicamente para fazer política com o médico”.
Esta Mesa foi, porém, dissolvida por alvará de 21 de Outubro de 1881. Segundo um jornal da época, o fundamento para esta resolução assentou no facto desta Mesa “ter fechado o hospital que é obrigada a conservar aberto, por ser o principal fim que teve em consideração a primitiva instituidora e subsequentes doadores daquele pio estabelecimento. Este procedimento que a mesa dissolvida em vez de reparar adoptou da sua antecessora, que fora levada àquele passo pelo desejo que alimentou de desalojar do partido do hospital o facultativo nele provido, bastante sensível tem sido à classe que habitualmente procura naquela instituição de caridade socorros aos seus padecimentos físicos. Além deste acintoso procedimento a que muito acertadamente proveu de remédio o Governador Civil, havia a rebeldia e premeditada teimosia em não querer a mesa dissolvida cumprir vários acórdãos dos tribunais superiores, concernentes à conservação do facultativo do partido, a quem teimavam em negar essa qualidade”. (In “O Velense”, nº 47, de 8 de Novembro de 1881).
Para a sua substituição, e por determinação do Governador Civil da mesma data, foi a Mesa substituída por uma Comissão Administrativa presidida por António Machado Soares Teixeira.
Ao facto se referia um jornal da época ao escrever que “tomou posse da gerência da Santa Casa da Misericórdia desta vila a comissão administrativa nomeada por alvará do sr. Governador Civil, e logo abriu o hospital da mesma Santa Casa, que estava fechado havia três anos” (In “O Velense”, nº 47, de 8 de Novembro de 1881).
No mandato de João Silveira Forjaz de Lacerda e Carvalho, por haver falecido o Dr. José António de Almeida, foi solicitado ao Governador Civil, em 15 de Outubro de 1887, autorização para que, enquanto não fosse provido o lugar de facultativo do Hospital cujo concurso fora aberto na sessão desse mesmo dia, se pagasse ao Guarda Mor de Saúde “as visitas que fizesse aos doentes”, tendo, obtida a respectiva autorização, convidado o Dr. António Maria do Carmo Rodrigues para efectuar as respectivas visitas “enquanto não for provido o lugar de Facultativo que se acha a concurso” (In “Livro de Registo de Correspondência, Anos de 1881 a 1927”, Arquivo da Santa Casa da Misericórdia da Vila das Velas).
Seguiu-se o Dr. Trajano Baptista Pereira, nomeado em 1 de Junho de 1913 como facultativo do Hospital da Santa Casa, que pediu a exoneração a 12 de Agosto de 1921. (In “Correspondência recebida, Anos de 1900/1926”, Ofício de 12 de Agosto de 1921, Arquivo da Santa casa da Misericórdia da Vila das Velas). (…) os doutores Nicolau Nunes, Álvaro Franco Silvano, Frederico Correia Câmara, José Alberto Carvalho Malheiro, Hermínio Rolando de Carvalho e, o último médico da Santa Casa, Mário César Leão.
A 3 de Maio de 1960, chegaram as Irmãs Franciscanas Hospitaleiras Portuguesas ao Hospital da Misericórdia sendo “recebidas no cais pelas crianças da catequese e por várias pessoas que depois as acompanharam até ao Hospital” e tendo-lhes sido “conferida a posse, acto a que assistiram numerosíssimas pessoas”. Por sua vez as Madres do Hospital e Colégio de Santo António, ambos da Horta, “encontravam-se nesse dia nas Velas, onde vieram propositadamente para receberem as novas Irmãs” já que, segundo a mesma acta , “à acção destas duas Madres se fica devendo também, em grande parte, a prestação de serviço por elementos daquela Congregação”. Na altura vieram as irmãs Maria José do Coração de Jesus, Madre Superiora; Maria Natividade de Jesus, Enfermeira e Maria Isabel de Cristo Rei, Cozinheira.
Verificamos, pois, que, apesar da obra benfazeja em outras áreas, cumprindo assim as Obras da Misericórdia, era o Hospital “o principal fim deste pio estabelecimento” gastando-se “em pão com os doentes” cerca de 300 alqueires anuais de trigo. (In “Orçamento para o ano de 1860/61”, Arquivo da Santa Casa da Misericórdia da Vila das Velas).
Mas nem o fecho temporário do Hospital a 29 de Dezembro de 1878, quiçá mais por razões políticas do que financeiras (que, aliás não são evocadas!), encobertas na justificação da saída do farmacêutico que exercia o cargo nas Velas, com a sua reabertura a 1 de Novembro de 1881, cumprindo-se assim “religiosamente a vontade da instituidora do mesmo hospital, D. Beatriz de Melo” ofuscaram, nem mesmo beliscaram, a grandeza do papel que este e a instituição que sempre o suportou desempenharam na sociedade jorgense.